Drei Fachbereiche, drei Institute und die Hochschulverwaltung prägen die organisatorische Struktur der KH Mainz. Hinzu kommen zentrale Einrichtungen wie die Bibliothek oder die Hochschul-IT.
Die Leitung der KH Mainz erfolgt durch die Mitglieder der Hochschulleitung im Zusammenwirken mit den Organen und Gremien der akademischen Selbstverwaltung.
