Die Verwaltung der Katholischen Hochschule Mainz umfasst das Rechnungswesen, Personalangelegenheiten sowie die Studierendenverwaltung und das Prüfungswesen. Hinzu kommen verschiedene Servicedienste, das Gebäudemanagement und das hochschuleigene Campus-Managementsystem.
Der Kanzler der Hochschule leitet die Verwaltung und ist zudem Mitglied der Hochschulleitung.