Die KH Mainz untergliedert sich in die Fachbereiche Soziale Arbeit und Sozialwissenschaften, Gesundheit und Pflege sowie Praktische Theologie, die jeweils durch das Dekanat vertreten werden. Die Fachbereiche sind organisatorische Grundeinheiten der Hochschule, die insbesondere das Lehrangebot sowie die Forschungs- und Entwicklungsvorhaben ihres Fachgebiets verantworten.
Zentrale Einrichtungen der Fachbereiche an der KH Mainz sind zudem die Praxisreferate sowie die fachbereichsbezogene Studienberatung.
